Die Darstellung der Wasserflächen erfolgt grundsätzlich entsprechend der Bestandsnutzung. Grundlage hierfür sind die Digitale Topografische Karte im Maßstab 1:10.000 (DTK 10, siehe Kapitel 1.5) und der Datensatz „Gewässernetz“ des Landesamts für Umwelt.
Der Maßstäblichkeit des Flächennutzungsplans entsprechend werden stehende Gewässer nur dargestellt, wenn diese eine Größe von mindestens 0,5 ha aufweisen oder sich innerhalb der Ortslagen befinden und von besonderer Relevanz für das Ortsbild sind.
Innerhalb der Orte betrifft das insbesondere die diversen Dorfteiche in den zentralen Bereichen der Orte (z. B. in Tempelberg, Buchholz, Jänickendorf, Schönfelde, Hasenfelde und Beerfelde). Diese sind prägend für das Ortsbild. Dargestellte linienhafte Gewässer von besonderer Bedeutung sind das Demnitzer Mühlenfließ, der Arensdorfer Wiesengraben, das Heinersdorfer Fließ, der Heinersdorfer Buschgraben und der Neuendorfer Hauptgraben.
Der Heinersdorfer See ist mit rund 80 Hektar der größte See in der Gemeinde. Er wird durch einen Straßendamm in den Kleinen und den Großen Heinersdorfer See geteilt. An der nördlichen Seite befindet sich eine Badestelle.
Die vielen Kleingewässer (saisonal wasserführend) sowie (Entwässerungs-)Gräben werden nicht gesondert dargestellt.
Der Wasser- und Landschaftspflegeverband „Untere Spree“ wird an der Planung beteiligt. Dieser hat zum Ziel Maßnahmen planen und umzusetzen, welche den Rückhalt von Wasser in der Landschaft und dem Artensterben im Rahmen der Möglichkeiten entgegenwirken.